Farní kostel se v Markvarticích připomíná prvně v roce 1352, i když lze předpokládat, že k jeho založení a výstavbě došlo již v době vzniku vesnice, tedy někdy v průběhu kolonizace regionu ve druhé polovině 13. století. V době husitské se u kostela uvádí patrocinium sv. Mikuláše. V období pozdního středověku byl markvartickému kostelu podřízen i kostel v nedalekých Kerharticích, založený nejpozději kolem roku 1480.
Od roku 1565 při markvartickém kostelu působil luterský duchovní, jehož podporovali i majitelé horního dílu vesnice, šlechtický rod Luticů. Jeho členové postupně v době renesance vybavili kostel trojicí zvonů v roce 1573, objednaných u věhlasného pražského zvonaře Brikcího z Cinperka. Zanikly v průběhu dalších staletí, zatímco do dnešních dnů se dochovala křtitelnice z roku 1579, pořízená též na náklady stejného rodu, jehož erb tuto renesanční památku zdobí.
V době po bitvě na Bílé hoře byla oblast rekatolizována a také kostel byl v důsledku této skutečnosti náležitě upravován. Koncem 50. let 17. století byla zdejší fara definitivně obsazena a nepochybně v souvislosti s tím zhotovil místní sochař Mathes Knothe nový hlavní oltář a českokamenický Tobias Fleck dodal varhany. Z této doby je také pramenně podloženo současné zasvěcení sv. Martinovi. Počátkem 70. let 17. století pak nástropní malbou interiér kostela zkrášlil malíř Sigmund Kirchberg z Jezvé.
Z ojedinělých zmínek je zřejmé, že před rokem 1700 v Markvarticích stál zděný jednolodní kostel se zvonicí a odsazenou sakristií. Kostel byl situován v areálu hřbitova obehnaném ohradní zdí. V kostelním interiéru se nacházel hlavní oltář, od 70. let 17. století, pak oltář boční, zřízený farářem Wernerem a zasvěcený Panně Marii. V kostele stála empora s varhanami, připomíná se i vrchnostenská oratoř.
Zásluhou salzburského arcibiskupa Johanna Ernsta Thun-Hohensteina z patronského šlechtického rodu došlo na počátku 18. století k výstavbě nového kostela. V dominantní krajinné poloze byl na mírném návrší v horní části vsi vystavěn barokní jednolodní kostel s odsazeným presbytářem a patrovou přístavbou sakristie s panskou oratoří. Na západě pak stavbě dominovala předsazená zvonice. Stavbu realizovanou zřejmě dle projektu litoměřického architekta Petra Versy, původem z Itálie, vystavěl v letech 1701 až 1704 Jakob Achtzinger. Thunský erb pak byl vyveden na velmi čestném místě, a sice ve vrcholu vítězného oblouku, který odděloval loď od presbytáře.
Zřejmě ve 20. letech 18. století byl v kostele zřízen další boční oltář sv. Anny zdobený bohatým akantovým dekorem, stejně byl upraven i původní mariánský oltář. Kostelní interiér se postupně zaplňoval četnými obrazy a sochami, a v roce 1752 i novým bočním oltářem sv. Aloise. O pět let dříve byly do kostela pořízeny i nové varhany z dílny chabařovického Johanna Christopha Standfusse. V roce 1766 byla z cihel vystavěna nová předsíň. Na přelomu 50. a 60. 18. století byl kostelní areál obohacen o pozdně barokní kapli zesnulých (též kaple sv. Kříže) na hřbitově v těsném sousedství kostela.
V blízkosti kostela dnes stojí farní budova z let 1816 až 1818, která spolu s několika hospodářskými stavebními dotvářela kostelní a hřbitovní areál. V roce 1855 byla pod kostelem vystavěna nová školní budova, která nahradila stávající objekt z roku 1819. Nové hodiny získal kostel v roce 1859. Roku 1871 byl na kostele postaven zcela nový sanktusník a roku 1875 rozšířen hřbitov. Starý oltář sv. Aloise nahradil nový v roce 1881 na náklady Krejcarového spolku, který ve vsi založili farníci, aby participovali na pořizování či opravách mobiliáře i objektu kostela. Roku 1890 byla dosavadní šindelová krytina na celém kostele nahrazena podstatně trvalejší břidlicí. Kostel byl rovněž v roce 1887 vybaven sochou Panny Marie Lurdské, jíž byl později zřízen boční oltář v podobě grotty, a v roce 1916 sochou a oltářem Nejsvětějšího Srdce Ježíšova, který měl sloužit zároveň i jako pomník padlých obyvatel obce.
Na přelomu 19. a 20. století vybavila kostel dnes již zaniklými vitrážovými okny renomovaná firma Carla Meltzera ze Skalice u České Lípy. Během 1. světové války postihly kostel rekvizice zvonů (1917). Postupně byl zvonový fond obnovován v meziválečném období (1919, 1927), nicméně i tyto zvony vzaly za své v době druhé světové války.
Na jejím konci zemřel i zdejší farář Johann Moser a od té doby neměla markvartická farnost sídelního duchovního správce, což se negativně – i s ohledem na celospolečenský vývoj – odrazilo jak v duchovním životě farnosti, tak i na stavu kostela. Kvůli neřešeným poruchám střechy došlo zřejmě na počátku roku 1964 ke zřícení části stropu a kostel nebyl od této doby využíván k liturgickým účelům. Naopak se stal terčem četných zlodějů a z jeho původního vybavení byla zachráněna jen část – varhany, kostelní lavice, mladší oltářní architektury a některé další předměty, které byly v roce 1968 odvezeny do kostela ve východoslovenském Lieskovci, historický zvon byl odvezen do kostela Nejsvětějšího Srdce Ježíšova v Jablonci nad Nisou, křtitelnice do Benešova nad Ploučnicí a několik soch a obrazů bylo deponováno v kostele v Jedlce. V 70. a 80. letech se stav kostela nadále zhoršoval, propadly se krovy a byl hned několikrát určen k demolici. Zachránilo ho především nevyškrtnutí ze seznamu státem chráněných památek (na rozdíl od mnoha do povětří vyhozených kostelů v regionu) a také nedostatek finančních prostředků na provedení demolice. Ještě v roce 1991 se propadla klenba presbytáře a z kostela zůstaly pouze obvodové zdi a věž.
